Το Κλινικό Εργαστήριο – Χημείο Χρήστος Γ. Παμπακερίδης εφαρμόζει ένα αυστηρό σύστημα εσωτερικού ελέγχου ποιότητας των δραστηριοτήτων του, με στόχο την επαλήθευση της τήρησης όλων των σχετικών πρωτοκόλλων. Σε περίπτωση εντοπισμού αποκλίσεων, εφαρμόζονται άμεσα από το επιστημονικό προσωπικό διορθωτικές ενέργειες, οι οποίες ολοκληρώνονται έγκαιρα και αποτελεσματικά.
Το Εργαστήριο συμμετέχει επίσης σε διεθνώς αναγνωρισμένα και εξειδικευμένα προγράμματα εξωτερικού ελέγχου ποιότητας για ολόκληρο το φάσμα των εργαστηριακών εξετάσεων για τις οποίες είναι αδειοδοτημένο.
Το Εργαστήριο είναι στη διαδικασία διαπίστευσης με το Πρότυπο Διαπίστευσης Κλινικών Εργαστηρίων - CYS EN ISO 15189:2012 Ιατρικά (Κλινικά) Εργαστήρια.